لاک پشت های نینجا: آشوب جهش یافته داستان از آنجایی آغاز می شود کهء لاک پشت ها می خواهند وارد جامعه انسان ها بشوند و بعنوان یک شهروند عادی به زندگی خود ادامه بدهند. وآنها تمام زندگی خود را صر ف آموزش ویادگیری هنررزمی ژاپنی (نینجوتسو) کرده اند. حالا زمان آن فرارسیده که با دوستان خود به مبارزه با ارتشی منحصر بفرد بروندو آنها را ازبین ببرند